صفی‌الدین در ۶۵۰ هجری قمری در کلخوران پا به دنیا گذاشت. پدر و نیاکانش او در قریه کلخوران اردبیل زراعت داشتند و پیشینیان شان از قریه رنگین گیلان به اسفرنجان در حدود اردبیل آمده بودند. پدر او امین‌الدین جبرئیل نام داشت و می‌گویند با وجود مکنتی که از راه کشاورزی به هم رسانیده بود، علاقه به عزلت و گوشه‌نشینی داشت و از معاشرت با خلق می‌پرهیخت. صفی‌الدین در عین اشتغال به مقدمات علوم رسمی، تمایلی به پارسایی و ریاضت یافت و به روزه‌داری و شب‌زنده‌داری روی آورد. گاه اوقاتش را در مقابر اولیا به سر می‌برد و گاه رؤیاها و مکاشفات صوفیانه می‌دید و گاه به کوه سبلان برای آنچه آن را «ملاقات مردان خدا» می‌خواند، می‌رفت و در آن حال، از آب و خاک آن کوه چیزی به تبرک همراه می‌آورد. این که از علوم رسمی چه اندازه بهره داشت، معلوم نیست، اما از اقوال و احوالش، آشنایی کافی با علوم شرعی پیدا است. به هر حال چنان‌که از قول مؤلف عالم‌آرای عباسی برمی‌آید، «مدتی به اکتساب فضایل و کمالات صوری پرداخت» و این کمالات او لامحاله، آن اندازه بود که قرآن را ازبرکرد، در فرایض و سنن وقوف تمام یافت، چنان‌که از لغات عربی و پارسی و ترکی و مغولی هم بهره‌مند گشت و به قول مؤلف روضات الجنان از اشعار و نکات و لطایف نیز محتظی شد.[۵]
صفی‌الدین بیست ساله بود که به سفارش یکی از زاهدان، بار سفر بست تا به شیراز برود و به خدمت نجیب الدین بزغوش شیرازی، از صوفیان بزرگ آن دوران برسد. با اسباب و وسایل آن زمان، سفر از اردبیل به شیراز، دشوار و طولانی بود. اندکی بیش از دو ماه بعد به شیراز رسید. اما صفی‌الدین زمانی به شیراز رسیده بود که نجیب‌الدین درگذشته بود. چند سالی را در شیراز و شهرهای پیرامون ش به دیدار مشایخ صوفی رفت تا شاید شیخی لایق بیعت بیابد. گویا در همین سال‌ها بود که در شیراز با سعدی نیز دیدار کرد. شاعر پیر، صوفی جوان را با آغوش باز پذیرفت و حتی نسخه‌ای از دیوان ش را نیز به او اهدا کرد؛ دیداری که البته به ارادتی نینجامید. سفر شیراز، اما به کلی بی‌حاصل هم نبود. صفی‌الدین، در شیراز، نام و آوازه تاج‌الدین ابراهیم گیلانی مشهور به زاهد گیلانی را شنید. سفر دراز دیگری را این بار از جنوب به شمال، از فارس به گیلان در پیش گرفت. در سفری دراز که برای صفی‌الدین همراه با سختی و بیماری بود، سرانجام پس از جستجوی بسیار، زاهد را در دهکده‌ای در ساحل دریای خزر یافت. هنگامی که صفی‌الدین در ۶۷۵ هجری قمری به گیلان رسید، بیست‌وپنج ساله بود و زاهد، اندکی بیش از شصت سال داشت. از این زمان تا بیست‌وپنج سال بعد، صفی‌الدین، مرید و مقیم خانقاه زاهد بود. ترقی صفی‌الدین در دستگاه شیخ زاهد، بسیار سریع بود. شیخ زاهد با بالا رفتن سن، بیش از پیش به صفی‌الدین وابسته می‌شد. در سال‌های پایان عمر و با از دست دادن بینایی، در عمل صفی‌الدین بود که امور خانقاه را می‌گرداند و از سوی زاهد با مریدان و بازدیدکنندگان دیدار می‌کرد.[۶]